inputgen class
 
Create an APBS input file using psize data
 
Written by Todd Dolinsky based on original sed script by Nathan Baker
 
    ----------------------------
 
PDB2PQR -- An automated pipeline for the setup, execution, and analysis of
Poisson-Boltzmann electrostatics calculations
 
    Copyright (c) 2002-2007, Jens Erik Nielsen, University College Dublin; 
    Nathan A. Baker, Washington University in St. Louis; Paul Czodrowski & 
    Gerhard Klebe, University of Marburg
 
    All rights reserved.
 
    Redistribution and use in source and binary forms, with or without modification, 
    are permitted provided that the following conditions are met:
 
            * Redistributions of source code must retain the above copyright notice, 
              this list of conditions and the following disclaimer.
            * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice, 
              this list of conditions and the following disclaimer in the documentation 
              and/or other materials provided with the distribution.
            * Neither the names of University College Dublin, Washington University in 
              St. Louis, or University of Marburg nor the names of its contributors may 
              be used to endorse or promote products derived from this software without 
              specific prior written permission.
 
    THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS" AND 
    ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED 
    WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. 
    IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, 
    INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, 
    BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, 
    DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF 
    LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE 
    OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED 
    OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
 
----------------------------

Modules
		pickle src.psize string sys

Classes
		Elec Input   class Elec     An object for the ELEC section of an APBS input file     Methods defined here: __init__(self, size, method, asyncflag) Initialize the variables that can be set in this object Users can modify any of these variables (that's why they're here!) __str__(self) Return the elec statement as a string. Check the method to see which keywords to use.   class Input     The input class.  Each input object is one APBS input file.     Methods defined here: __init__(self, pqrpath, size, method, asyncflag) Initialize the input file class.  Each input file contains a PQR name, a list of elec objects, and a list of strings containing print statements.  For starters assume two ELEC statements are needed, one for the inhomgenous and the other for the homogenous dielectric calculations.   Users can edit the elec statements and the print statements.   This assumes you have already run psize, either by      size.runPsize(/path/to/pqr) or        size.parseString(string)      size.setAll()   Parameters     pqrpath:   The path to the PQR file (string)     size:      The Psize object (psize)     method:    The method (para, auto, manual, async) to use     asyncflag: 1 if async is desired, 0 otherwise __str__(self) Return the text of the input file dumpPickle(self) Make a Python pickle associated with the APBS input parameters printInputFiles(self) Make the input file(s) associated with this object

Functions
		main() splitInput(filename) Split the parallel input file into multiple async file names   Parameters     filename:  The path to the original parallel input                file (string) usage() Display the usage information for this script