psize class
 
Get dimensions and other information from a PQR file.
 
Originally written by Dave Sept
Additional APBS-specific features added by Nathan Baker
Ported to Python/Psize class by Todd Dolinsky and subsequently
hacked by Nathan Baker
 
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PDB2PQR -- An automated pipeline for the setup, execution, and analysis of
Poisson-Boltzmann electrostatics calculations
 
    Copyright (c) 2002-2007, Jens Erik Nielsen, University College Dublin; 
    Nathan A. Baker, Washington University in St. Louis; Paul Czodrowski & 
    Gerhard Klebe, University of Marburg
 
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    DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF 
    LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE 
    OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED 
    OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
 
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Modules
		getopt string sys

Classes
		Psize   class Psize     Master class for parsing input files and suggesting settings     Methods defined here: __init__(self) getCenter(self) getCharge(self) getCoarseGridDims(self) getConstant(self, name) Get a constant value; raises KeyError if constant not found getFineGridDims(self) getFineGridPoints(self) getFocus(self) getLength(self) getMax(self) getMin(self) getProcGrid(self) getSmallest(self) parseInput(self, filename) Parse input structure file in PDB or PQR format parseLines(self, lines) Parse the lines parseString(self, structure) Parse the input structure as a string in PDB or PQR format printResults(self) Return a string with the formatted results runPsize(self, filename) Parse input PQR file and set parameters setAll(self) Set up all of the things calculated individually above setCenter(self, maxlen, minlen) Compute molecule center setCoarseGridDims(self, olen) Compute coarse mesh dimensions setConstant(self, name, value) Set a constant to a value; returns 0 if constant not found setFineGridDims(self, olen, clen) Compute fine mesh dimensions setFineGridPoints(self, flen) Compute mesh grid points, assuming 4 levels in MG hierarchy setFocus(self, flen, np, clen) Calculate the number of levels of focusing required for each processor subdomain setLength(self, maxlen, minlen) Compute molecule dimensions setProcGrid(self, n, nsmall) Calculate the number of processors required to span each  dimension setSmallest(self, n) Compute parallel division in case memory requirement above ceiling Find the smallest dimension and see if the number of grid points in that dimension will fit below the memory ceiling Reduce nsmall until an nsmall^3 domain will fit into memory

Functions
		log(...) log(x[, base]) -> the logarithm of x to the given base. If the base not specified, returns the natural logarithm (base e) of x. main() usage(rc) Print usage information and exit with error code rc

Data
		stderr = <open file '<stderr>', mode 'w' at 0x170b0> stdout = <open file '<stdout>', mode 'w' at 0x17068>