Amino Acid Structures for PDB2PQR
 
This module contains the base amino acid structures for
pdb2pqr.
 
----------------------------
 
PDB2PQR -- An automated pipeline for the setup, execution, and analysis of
Poisson-Boltzmann electrostatics calculations
 
    Copyright (c) 2002-2007, Jens Erik Nielsen, University College Dublin; 
    Nathan A. Baker, Washington University in St. Louis; Paul Czodrowski & 
    Gerhard Klebe, University of Marburg
 
    All rights reserved.
 
    Redistribution and use in source and binary forms, with or without modification, 
    are permitted provided that the following conditions are met:
 
            * Redistributions of source code must retain the above copyright notice, 
              this list of conditions and the following disclaimer.
            * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice, 
              this list of conditions and the following disclaimer in the documentation 
              and/or other materials provided with the distribution.
            * Neither the names of University College Dublin, Washington University in 
              St. Louis, or University of Marburg nor the names of its contributors may 
              be used to endorse or promote products derived from this software without 
              specific prior written permission.
 
    THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS" AND 
    ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED 
    WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. 
    IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, 
    INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, 
    BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, 
    DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF 
    LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE 
    OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED 
    OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
 
----------------------------

Modules
		copy math os string sys

Classes
		src.structures.Residue Amino ALA ARG ASN ASP CYS GLN GLU GLY HIS ILE LEU LYS MET PHE PRO SER THR TRP TYR VAL LIG WAT   class ALA(Amino)     Alanine class   This class gives data about the Alanine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: ALA Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class ARG(Amino)     Arginine class   This class gives data about the Arginine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: ARG Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class ASN(Amino)     Asparagine class   This class gives data about the Asparagine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: ASN Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class ASP(Amino)     Aspartic Acid class   This class gives data about the Aspartic Acid object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: ASP Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state. Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class Amino(src.structures.Residue)     Amino class   This class provides standard features of the amino acids listed below   Parameters     atoms:  A list of Atom objects to be stored in this class              (list)     ref:    The reference object for the amino acid.  Used to             convert from the alternate naming scheme to the             main naming scheme.     Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class CYS(Amino)     Cysteine class   This class gives data about the Cysteine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: CYS Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) setState(self) Set the state of the CYS object.  If SS-bonded, use CYX.  If negatively charged, use CYM.  If HG is not present, use CYX. Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class GLN(Amino)     Glutamine class   This class gives data about the Glutamine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: GLN Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class GLU(Amino)     Glutamic Acid class   This class gives data about the Glutamic Acid object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: GLU Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state. Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class GLY(Amino)     Glycine class   This class gives data about the Glycine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: GLY Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class HIS(Amino)     Histidine class   This class gives data about the Histidine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: HIS Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) setState(self) Histidines are a special case due to the presence of several different forms.  This function sets all non- positive incarnations of HIS to neutral HIS by checking to see if optimization removed hacceptor or hdonor flags.  Otherwise HID is used as the default. Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class ILE(Amino)     Isoleucine class   This class gives data about the Isoleucine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: ILE Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class LEU(Amino)     Leucine class   This class gives data about the Leucine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: LEU Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class LIG(src.structures.Residue)     Generic ligand class   This class gives data about the generic ligand object, and inherits off the base residue class.     Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object createAtom(self, atomname, newcoords) Create a water atom.  Note the HETATM field.   Parameters     atomname: The name of the atom (string)     newcoords:  The new coordinates of the atom (list) Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class LYS(Amino)     Lysine class   This class gives data about the Lysine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: LYS Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) setState(self) Determine if this is LYN or not Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class MET(Amino)     Methionine class   This class gives data about the Methionine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: MET Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class PHE(Amino)     Phenylalanine class   This class gives data about the Phenylalanine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: PHE Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class PRO(Amino)     Proline class   This class gives data about the Proline object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: PRO Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class SER(Amino)     Serine class   This class gives data about the Serine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: SER Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class THR(Amino)     Threonine class   This class gives data about the Threonine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: THR Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class TRP(Amino)     Tryptophan class   This class gives data about the Tryptophan object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: TRP Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class TYR(Amino)     Tyrosine class   This class gives data about the Tyrosine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: TYR Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) setState(self) See if the TYR is negative or not Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class VAL(Amino)     Valine class   This class gives data about the Valine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: VAL Amino src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) Methods inherited from Amino: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Override the generic residue's version of createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list). setState(self) Set the name to use for the forcefield based on the current state.  Uses N* and C* for termini. Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class WAT(src.structures.Residue)     Water class   This class gives data about the Water object, and inherits off the base residue class.     Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object createAtom(self, atomname, newcoords) Create a water atom.  Note the HETATM field.   Parameters     atomname: The name of the atom (string)     newcoords:  The new coordinates of the atom (list) Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue reorder(self) Reorder the atoms to start with N, CA, C, O if they exist rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)

Data
		BACKBONE = ['N', 'CA', 'C', 'O', 'O2', 'HA', 'HN', 'H', 'tN'] DIHEDRAL = 57.2958 SMALL = 9.9999999999999995e-08 __author__ = 'Todd Dolinsky' __date__ = '28 December 2006'

Author
		Todd Dolinsky