Driver for PDB2PQR
 
This module takes a PDB file as input and performs optimizations
before yielding a new PDB-style file as output.
 
Ported to Python by Todd Dolinsky (todd@ccb.wustl.edu)
Washington University in St. Louis
 
Parsing utilities provided by Nathan A. Baker (baker@biochem.wustl.edu)
Washington University in St. Louis
 
    Copyright (c) 2002-2007, Jens Erik Nielsen, University College Dublin; 
    Nathan A. Baker, Washington University in St. Louis; Paul Czodrowski & 
    Gerhard Klebe, University of Marburg
 
    All rights reserved.
 
    Redistribution and use in source and binary forms, with or without modification, 
    are permitted provided that the following conditions are met:
 
            * Redistributions of source code must retain the above copyright notice, 
              this list of conditions and the following disclaimer.
            * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice, 
              this list of conditions and the following disclaimer in the documentation 
              and/or other materials provided with the distribution.
            * Neither the names of University College Dublin, Washington University in 
              St. Louis, or University of Marburg nor the names of its contributors may 
              be used to endorse or promote products derived from this software without 
              specific prior written permission.
 
    THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS" AND 
    ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED 
    WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. 
    IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, 
    INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, 
    BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, 
    DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF 
    LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE 
    OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED 
    OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.

Modules
		copy getopt math os src.pdb src.protein re src.routines xml.sax src.server string src.structures sys time src.utilities

Functions
		getAvailableExtensions(displayflag=0) Grab available extensions from the extensions directory   Parameters     displayflag: Display the error message if 1 Returns     extensions: A map containing the extensions name and                 the module instance. mainCGI() Main driver for running PDB2PQR from a web page mainCommand() Main driver for running program from the command line. printHeader(atomlist, reslist, charge, ff, warnings, options) Print the header for the PQR file   Parameters:     atomlist: A list of atoms that were unable to have               charges assigned (list)     reslist:  A list of residues with non-integral charges               (list)     charge:   The total charge on the protein (float)     ff:       The forcefield name (string)     warnings: A list of warnings generated from routines (list)     options:  A dictionary of command lnie options (float) Returns     header:   The header for the PQR file (string) runPDB2PQR(pdblist, ff, options) Run the PDB2PQR Suite   Parameters     pdblist: The list of objects that was read from the PDB file              given as input (list)     ff:      The name of the forcefield (string)     options: A dictionary of PDB2PQR options, including:              verbose: When 1, script will print information to stdout                       When 0, no detailed information will be printed (int)              debump:  When 1, debump heavy atoms (int)              opt:     When 1, run hydrogen optimization (int)              ph:      The desired ph of the system (float)              outname: The name of the desired output file Returns     header:  The PQR file header (string)     lines:   The PQR file atoms (list)     missedligandresidues:  A list of ligand residue names whose charges could              not be assigned (ligand) usage(rc) Print usage for this script to stdout.   Parameters     rc:  Exit status (int)

Data
		AAPATH = 'dat/AA.xml' ANGLE_CUTOFF = 20.0 BACKBONE = ['N', 'CA', 'C', 'O', 'O2', 'HA', 'HN', 'H', 'tN'] BONDED_SS_LIMIT = 2.5 BUMP_DIST = 2.0 BUMP_HDIST = 1.5 CELL_SIZE = 2 DIHEDRAL = 57.2958 DIST_CUTOFF = 3.2999999999999998 HDEBUG = 0 HYDPATH = 'dat/HYDROGENS.xml' LIMIT = 500.0 LOADPATH = '/proc/loadavg' LOGPATH = '/Users/baker/pdb2pqr///tmp//usage.txt' NAPATH = 'dat/NA.xml' PATCHPATH = 'dat/PATCHES.xml' PEPTIDE_DIST = 1.7 REFRESHTIME = 20 REPAIR_LIMIT = 10 SMALL = 9.9999999999999995e-08 SRCPATH = '/Users/baker/pdb2pqr//' STYLESHEET = 'http://pincushion.wustl.edu/pdb2pqr//pdb2pqr.css' TMPDIR = 'tmp/' WEBNAME = 'index.html' WEBSITE = 'http://pincushion.wustl.edu/pdb2pqr//' __author__ = 'Todd Dolinsky, Nathan Baker, Jens Nielsen, Paul Czodrowski, Jan Jensen' __date__ = '17 March 2007' __version__ = '1.3.0'

Author
		Todd Dolinsky, Nathan Baker, Jens Nielsen, Paul Czodrowski, Jan Jensen